После гибели Цицианова наступил длительный период относительного затишья, но в 1812 году русско-персидская война разгорелась с новой силой.Преемник Цицианова, генерал Гудович, прибыл на Кавказ летом 1806 года. Кампании Цицианова довольно дорого обошлись русской армии, а болезни продолжали уносить жизни русских солдат в больших количествах. Прибыв на место, Гудович обнаружил, что под его командованием находится менее 5000 солдат и офицеров.
За время, прошедшее мевду гибелью Цицианова и прибытием Гудовича, иллюзия мощи русской армии окончательно рассеялась. Отряды персидских налетчиков теперь безнаказанно действовали в Южном Карабахе, часто угрожая даже столице Ибрагима Халил-хана. В июне 1806 года Ибрагим Халил-хан признал власть Фехт-Али-Шаха и обратился к нему с просьбой о защите ханства от репрессий со стороны русской армии. Однако к этому времени уже ни одна из сторон абсолютно не доверяла Халил-хану, и Фетх-Али-Шах приложил лишь символическое усилие, чтобы оказать помощь Карабаху. В октябре Халил-хан в очередной раз попытался инициировать переговоры с русскими властями, но прежде, чем они смогли начаться, русские войска под командованием майора Лисаневича ночью атаковали Ибрагима Халил-хана и убили его вместе с женой и большей частью его семьи. Шушинским ханом был провозглашен прорусски настроенный Мехдикули-хан.
Хотя эти действия майора Лисаневича, по-видимому, решили проблему Карабаха, они имели серьезные последствия в другом регионе. Женой Ибрагима Халил-хана была сестра Селима, хана Шекинского, который расценил ее убийство как преднамеренную провокацию. Селим разорвал союз с Россией и обратился к Фетх-Али-Шаху за защитой. Однако в данном случае русские успели отреагировать намного быстрее, чем персы, и свергли Селима задолго до того, как Аббас-Мирза успел собрать войска ему в помощь. Причиной неудач Персии в реализации всех представившихся ей возможностей стало постепенное сворачивание операций на Кавказе. В некоторой степени это являлось следствием внутренних волнений, но важным также стало мнение Аббаса-Мирзы, что в своем теперешнем состоянии его армия не могла нанести решающее поражение русским войскам. Даже при абсолютном численном превосходстве, как, например, в бою при монастыре Эчмиадзин, персам удалось лишь с огромным трудом добиться сомнительной победы. Поэтому Аббас-Мирза и Фетх-Али-Шах начали искать себе в Европе союзника, который мог бы прислать в Персию военных советников, чтобы провести модернизацию персидской армии.
Сначала Фетх-Али-Шах хотел сделать ставку на Великобританию, с которой у Персии были обширные торговые связи (через Индию), но его попытки выйти на Лондон через Ост-Индскую компанию потерпели неудачу. Среди британских политиков на тот момент (по крайней мере, в течение того времени, когда Россия и Великобритания были союзниками в борьбе с Наполеоном) преобладала точка зрения, что расширение России в Закавказье вполне допустимо, и что Фехт-Али-Шах является «высокомерным» и «вероломным». Потерпев неудачу в попытке получить британскую поддержку, Фетх-Али-Шах обратился к главному противнику Англии -Франции. Здесь ему сопутствовал успех, и 4 мая 1807 года Персия и Франция подписали Финкенштейнский договор, по которому французская сторона обязалась предоставить Персии военных советников и вооружение. Французы немедленно отправили в Персию военную миссию во главе с выдающимся кавалерийским офицером Клодом Гарденом. Она включала в себя специалистов по тактике пехоты, артиллеристов и военных инженеров. За первые несколько месяцев своего пребывания в Персии сотрудники миссии Гардена обучили, основываясь на принципах подготовки и тактики французской армии, пехотное подразделение численностью в 4000 человек, известное как сабраз. Реформирование артиллерии шло медленнее, но к лету 1808 года французские военные советники импортировали в страну 20 пушек европейского производства и обучили персов обслуживать их. Инженеры тем временем были поглощены работой над укреплением крепостей в Эривани и Ленкорани.
Вскоре после того как Наполеон отправил в Персию военную миссию, Россия и Франция подписали союзный договор, и, таким образом, теперь никакого смысла в ее существовании больше не было. В начале 1809 года французские военные советники были отозваны из Персии. Но Фетх-Али-Шах недолго оставался без западных военных советников, поскольку переход России на сторону Франции означал, что теперь в сотрудничестве с Персией оказалась заинтересована Великобритания. Англичане прислали военную миссию во главе с майором Джозефом ДАрси, в которую в том числе входили капитан Чарльз Кристи (пехотный офицер), лейтенант Генри Линдсей (артиллерист) и Уильям Монтит (военный инженер). В течение следующих трех лет эти офицеры подготовили около 13 ООО пехотинцев и артиллеристов, а также обновили ряд важных укреплений.