В конце октября 1799 года Александр Суворов получил от Пала первого письмо, сообщающее о прекращении союзничества с Австрией. По приказу царя Суворов стал готовить свою армию к возвращению на родину. В ноябре солдаты постепенно начали отходить к России. Они некоторое время переждали в Северной Австрии приказа о продолжении военных действий с Францией, а в январе направились в Россию. Дойдя до Кракова Суворов передал командование Розенбергу и отправился в Петербург. По дороге он заболел и остановился в своём поместье в Кобрине. После помощи императорского доктора И. И. Вейкарта Суворов смог продолжить путь. Для него в северной столице готовили пышную встречу. Но вдруг полководец попал в опалу из-за того, что в Итальянском и Швейцарском походах он имел при себе дежурного генерала, что можно было только царю. Суворов ещё больше заболел. В Санкт-Петербурге он остановился у мужа своей племянницы Д. Хвостова. Царь отказался встречаться с военачальником. И 6 мая 1800 года Александр Васильевич Суворов умер. Его хоронили 12 мая. Разные источники дают разные сведения относительно присутствия Павла Первого на похоронах. Некоторые утверждают, что он просто случайно встретил траурное шествие на углу Малой Садовой и Невского проспекта, другие настаивают, что царь вообще не был на похоронах.
Александра Суворова похоронили в Нижней Благовещенской церкви Александро-Невской лавры. Похороны полководца были очень многолюдными. Табличка на надгробной плите гласит: «Здѣсь лежитъ Суворовъ».