Две неудачные попытки штурма убедили Гранта, что надо готовиться к долгой осаде. Несмотря на то, что теперь днем становилось очень жарко, его солдаты начали рыть сложную систему глубоких и широких траншей, постепенно приближаясь к позициям южан. Эти работы были очень тяжелыми, причем постоянно существовала угроза оказаться под огнем стрелков противника. Позднее под землей были проложены туннели, позволявшие подойти снизу к укрепленным пунктам неприятеля.
Грант был уверен и в том, что Пембертон не сможет прорваться из Виксберга, и в том, что Джонстон не попытается прийти к нему на помощь. После подхода подкреплений численность его армии увеличилась до 71 ООО человек. Северяне располагали 248 пушками, шестью 32-фунтовыми осадными пушками и батареей морских пушек большого калибра. Хотя в Вашингтоне продолжали ходить слухи, что Грант пил запоем, Линкольн не обращал на них внимание. Он был восхищен успехами Гранта и описал Виксбергскую кампанию как «одну из самых блестящих в мире». Примерно в конце мая МакКлернанд допустил фатальную ошибку. Он выпустил приказ по своему армейскому корпусу, поздравляя своих солдат и выразив надежду, что они при надлежащей поддержке захватят Виксберг 22 мая. Когда текст приказа появился в газетах, Шерман и Макферсон обратились к Гранту с протестами. Грант попросил у МакКлернанда копию приказа, тот подчинился и подтвердил, что он поступил именно так 18 июня Грант освободил его от командования XII армейским корпусом, назначив на место МакКлернанда его же заместителя, генерал-майора Эдуарда Орда.
Тем временем, ситуация в Виксберге становились все более тяжелой. Окопы фанта подходили все ближе к городу. Бомбардировка северян не прекращалась ни на час. Стали возникать проблемы в продовольствием и еще более серьезные — с питьевой водой. Многие солдаты и горожане страдали от болезней, и все без исключения — от голода. Практически все здания были повреждены пушечными ядрами. Многим горожанам пришлось перебраться в пещеры, прорубленные в склонах холмов, где можно было укрыться от бомбардировок. В городе стали выпекать неудобоваримый хлеб из зерна и сушеного гороха. В мясных лавках продавали мясо лошадей, собак и даже крыс. Настроение у Пембертона становилось все более и более пессимистичным. Он полагал, что у его армии есть шанс вырваться по реке в сторону Луизианы, но когда южане начали строить лодки, Грант отправил Портера перекрыть и этот путь. Теперь конфедераты надеялись, что спасение придет извне. К этому времени Джо Джонстон собрал армию в 32 ООО человек и к концу июня с юга приблизился к позициям Гранта. Он спланировал отвлекающий удар, чтобы дать Пембертону шанс попытаться вырваться из окружения. Этот план имел множество недостатков, и главным из них было то, что после 48 дней, проведенных в осажденном Виксберге, солдаты Пембертона не были в состоянии атаковать ни при каких условиях.