Джонстон планировал нанесение отвлекающего удара и попытку прорыва на 6 июля. Однако в 10:00 3 июля северяне увидели, что на всем протяжении оборонительных позиций южан в Виксберге появились белые флаги. Огонь прекратился, и из города выехали два офицера армии Конфедерации, чтобы доставить письмо генералу Гранту. В своем послании Пембертон утверждал, что гарнизон Виксберга мог держаться намного дольше, но в целях предотвращения дальнейших страданий и гибели людей он предлагает заключить перемирие и создать комиссии для выработки условий сдачи. Грант отверг предложения южан и потребовал безоговорочной капитуляции.
В тот же день в 15:00 оба генерала встретились лично. Хотя они вместе служили во время американо-мексиканской войны, на переговорах оба держались холодно. Они договорились, что Грант той же ночью пришлет письмо, в котором изложит окончательные условия сдачи. Вечером Грант и его командиры собрались на совещание, о котором он позднее высказался следующим образом «из всех организованных мною совместных обсуждений это больше всего походило на «Военный совет». Главным был вопрос, можно ли освободить солдат и офицеров армии Пембертона и разрешить им отбыть на родину в обмен на обещание не принимать больше участия в боевых действиях.
Представлялось вполне вероятным, что большая часть жителей Юго-Запада будет соблюдать данное обязательство, получив возможность как можно скорее отправиться домой. Также имело смысл предоставить заботиться о них Конфедерации, поэтому отправленное Грантом послание предполагало освобождение Пембертона под честное слово. Пембертон быстро согласился, и уже утром 4 июля Джон Логан во главе своей дивизии вступил в Виксберг и взял на себя управление городом. Грант отдал Шерману приказ заняться изгнанием Джо Джонстона из Миссисипи и разрушением линий коммуникаций южан на востоке. Сам Грант вступил в Виксберг, встретившись с прибывшим по реке адмиралом Дэвидом Портером. Он сделал все возможное, чтобы гарантировать побежденным хорошее обращение.