Генерал Джозеф Э. Джонстон (1807-1891) командовал войсками Конфедерации на западе. Он был кадровым военным и отличился на полях сражений американо-мексиканской войны. Когда началась Гражданская война, бригадный генерал Джонстон оставил службу в американской армии, чтобы присоединиться к Конфедерации — он был самым старшим офицером из тех, что поступили подобным образом.
Однако, прибыв в Виргинию, он к своему крайнему неудовольствию обнаружил, что его уже обошли несколько офицеров, ранее служивших в американской армии под его началом, в числе которых был и полковник Роберт Э. Ли. Обиды Джонстона по этому поводу повлияли на все его поведение во время войны и сделали его упрямым подчиненным, склонным сознательно извращать те приказы, которые ему не нравились. Деятельность Джонстона во время Виксбергской кампании осложнялась его слабым здоровьем он еще не оправился до конца от ран, полученных во время сражения при Севен-Пайнс в мае 1862 года.