Большую часть Виксбергской кампании Улиссу С. Гранту приходилось иметь дело с крайне неприятным подчиненным — Джоном А. МакКлернандом, бывшим сенатором, переквалифицировавшимся в генералы. МакКлернанд имел звание генерал-майора (которым он в большей степени был обязан своей дружбе с президентом Линкольном, чем незначительному военному опыту) и по старшинству превосходил всех в Армии Теннесси кроме Гранта, несмотря на то, что являлся всего лишь командиром дивизии. МакКлернанд служил под началом Гранта во время сражений у Форт-Генри, Форт-Донельсона и Шайло, где проявил если не полную некомпетентность, то уж нехватку инициативы точно. Критически оценивавший способности МакКлернанда Грант был против его назначения на более высокий пост.
В августе 1862 года МакКлернанд взял отпуск и отправился в Вашингтон, чтобы переговорить с Линкольном. Он вернулся с разрешением развернуть вербовочную кампанию и сформировать для наступления на Виксберг армию, которая будет находиться под его единоличным командованием. Эти войска, которые МакКлернанд назвал Армией Миссисипи, вступили в бой в декабре, но без его участия. Запутавшись с отдачей приказов, он в течение некоторого времени не прибывал на место, убежденный, что Грант и Шерман составляют против него тайный заговор. По прошествии двух недель Грант принял на себя командование Армией Миссисипи, поскольку ее офицеры и солдаты постоянно жаловались на стиль командования МакКлернанда. С этого момента МакКлернанд действовал исключительно с целью подорвать положение Гранта, посылая письма Линкольну, в которых описывал командующего как «пьяницу и некомпетентного дурака», при этом сам он крайне неохотно продолжал исполнять обязанности командира корпуса. Грант не мог уволить столь влиятельного человека без серьезных оснований. Такой шанс представился уже во время осады Виксберга, когда МакКлернанд.