В это время прибыл генерал МакКлернанд. Он с беспокойством ожидал приказов, и ему действительно поручили проведение операций на Миссисипи, но не в качестве командующего отдельной армией, а командира корпуса под общим руководством Гранта. МакКлернанд прибыл в Мемфис 28 декабря, но Шерман опередил его. Только 2 января 1863 года МакКлернанд, наконец, принял на себя командование тем, что сам он называл армией Миссисипи, в составе которой и он, и Шерман командовали корпусами. Они продолжили операцию против Форт-Хиндмена, который вскоре сдался. Однако, прибыв в этот район, Грант обнаружил, что старшие командиры совершенно не доверяют МакКлернанду как командующему, и Гранту не оставалось ничего другого, кроме как принять командование на себя.
Теперь у Гранта было примерно 40 000 солдат, которые стояли лагерем вдоль западного берега реки у Милликенс-Бэнда. Стоянка находилась в зловонной грязи, что сильно подрывало и здоровье, и боевой дух войск. Грант решил ввести Пембертона в заблуждение относительно своих дальнейших действий. С этой целью он инициировал три операции. Первой стала попытка отвести воды Миссисипи, чтобы понизить уровень реки на том участке, где она подходила к Виксбергу. Для этого предполагалось прорыть канал через горловину полуострова. XV армейский корпус Шермана занимался возведением дамбы в северной оконечности. Предполагалось, что, когда она будет разрушена, поток сам проложит себе новое русло, и батареи Виксберга уже не смогут больше блокировать движение северян вдоль реки. 8 марта река снесла дамбу и затопила лагерь, в результате чего утонуло много лошадей.
Вторая операция проводилась в районе озера Провиденс, находившегося примерно в 80 км к северу от Виксберга. Если бы удалось разрушить дамбу, отделявшую озеро от Миссисипи, уровень воды в озере мог повыситься, и через болота попробовали бы организовать водный маршрут в обход Виксберга, соединявшийся с Миссисипи примерно в 320 км южнее. Эта задача была поставлена перед дивизией XVII армейского корпуса, которым командовал многообещающий молодой генерал-майор Джеймс Б. МакФерсон. Он пытался проложить канал через заболоченную местность, выкорчевывая деревья и пни, но эти работы шли очень медленно, а затем вообще были прекращены.
Третья операция предполагала затопление находившегося к востоку от Миссисипи дефиле Язу по подобной же схеме. Высадка десанта через затопленную таким образом болотистую местность могла дать Гранту возможность закрепиться на суше в нескольких километрах к северу от Виксберга, что, в свою очередь, позволяло атаковать или сам город, или Чикасоу-Блаффс. В конце февраля инженеры пробили брешь в дамбе, и воды Миссисипи устремились в дефиле Язу. Две бронированные канонерские лодки и малые силы флота отправились в долгое путешествие между стволами затопленных деревьев. Когда же они, наконец, добрались до Язу, выяснилось, что дальнейший путь блокировали батареи конфедератов в Форт-Пембертоне. Портер провел разведку заводи, известной как протока Стила, но в случае действий в этом направлении возникала опасность блокирования южанами всего флота. Однако солдатам Шермана удалось отогнать конфедератов и помочь лодкам развернуться, чтобы отправиться обратно на север.