Армия генерала Пембертона была укомплектована солдатами из всех областей Конфедерации и включала батальоны из Миссисипи, Джорджии, Алабамы, Теннесси, Луизианы и Техаса. Солдаты-конфедераты, как и бойцы Гранта, привыкли к тяготам походов при плохой погоде, были хорошо обучены владению огнестрельным оружием и умели прожить за счет местных ресурсов.
Выносливость была существенным преимуществом армии Конфедерации, испытывавшей нехватку продукции военной промышленности, которая не могла полностью удовлетворить потребности армии, а также не имела хорошо организованной системы снабжения, из-за чего все необходимое — если оно вообще было в наличии — приходилось держать как можно ближе к линии фронта. Хотя снабжение армии наиболее важными грузами было налажено неплохо (солдаты обычно хорошо обеспечивались винтовками, пулями и порохом), менее значимые вещи имели тенденцию постоянно задерживаться или вообще не доходили до действующей армии. Обувь и форма были в дефиците и нередко приходили в негодность прежде, чем их успевали заменить. Поэтому солдаты-южане часто выглядели неопрятными, поскольку им постоянно приходилось заменять пришедшие в негодность элементы формы гражданской одеждой. На Восточном ТВД эти трудности не были слишком существенной проблемой (по крайней мере, на данном этапе войны), потому что солдатами руководили хорошие командиры, и боевой дух войск был очень высоким. На западе их противник действовал более успешно, и, по мере того как кампания набирала темп, постоянные поражения и отступления негативно сказывались на настроении солдат.
Наиболее распространенным оружием пехоты армии Конфедерации был нарезной мушкет «Спрингфилд» обр. 1855 -стандартная винтовка Армии США накануне войны. Это оружие весило почти 6 кг, а длина его составляла примерно 1,4 метра. Хотя мушкет и был дульнозарядным, для стрельбы использовался капсюль, а не кремневый замок, как в ранних вариантах нарезных мушкетов. Также южане использовали различные модификации гладкоствольного мушкета «Спрингфилд» обр. 1842 и британскую винтовку «Энфилд» (ее применение приводило к серьезным проблемам при снабжении, поскольку в ней использовалась тля, несколько отличавшаяся от той, которая нужна была для «Спрингфилда» обр. 1855). Наиболее распространенным артиллерийским орудием в армии южан (как и у северян) была 12-фунтовая пушка обр. 1857 (известная как «Наполеон»), которая могла метать круглые ядра на расстояние до 1800 метров. Заряжавшаяся с дула пушка также могла вести огонь зажигательными снарядами или картечью. Использовалось и другое вооружение: гаубицы для ведения навесного огня; 6-фунтовые гладкоствольные пушки; различные виды нарезных пушек, которые было более точными, но менее надежными.
Для проведения осады Виксберга Грант подтянул артиллерию большего калибра, в том числе несколько 32-фунтовых пушек; также для бомбардировки крепости он использовал морскую батарею. Грант позаботился о том, чтобы в его армии были саперы, которые могли бы вести работы во время осады. Также имелся большой отряд минеров, набранных из пехотных частей, которым было поручено заложить в шахты мины и подорвать укрепления конфедератов. Самым важным их достижением стало разрушение редана — важного форта в северной части города. Также Грант в полной мере использовал и свое другое важное преимущество — наличие у него речного флота. На протяжении всей кампании его поддерживал адмирал Дэвид Портер. Грант записал: «Самая что ни на есть полная гармония царила между двумя видами вооруженных сил. Никогда не было, чтобы я обращался с просьбой к флаг-офицеру или любому из его подчиненных, и они ее быстро не выполнили». Во время осады канонерские лодки Портера выпустили по Виксбергу порядка 20 ООО снарядов.