Гораздо более долгая борьба предстояла России с Крымским ханством, где также правили потомки Чингисхана, Гиреи. Десятилетиями южные рубежи русских земель страдали от набегов крымских татар. В мае 1571 г. крымский хан Девлет-Гирей сжег Москву, уведя в плен до 150 тыс. пленных. И хотя это был последний набег крымцев на Москву, противостояние с Крымом было завершено только к концу XVIII в.
Последний Крымский хан из рода Гиреев, правивших в Крыму еще с XV в., Шагин-Гирейхан (17461787), по отзывам современников, сочетал восточный деспотизм с европейской образованностью, веротерпимость и стремление к реформам, призванным укрепить независимость ханства, с жестокостью и непониманием исторической бесперспективности существования Крыма как самостоятельного государства. Он обратил на себя внимание русский дипломатии еще в 1772 г., во время переговоров о заключении договора между Россией и Крымом после занятия ханства русскими войсками. Шагин-Гирей (младший брат тогдашнего хана) прожил в Санкт Петербурге девять месяцев.
В письме к Вольтеру, предназначенному европейскому общественному мнению, императрица Екатерина II восхваляла ум молодого калгисултана, его желание заняться самообразованием на благо своего ханства, «независимого по милости Божией и русского оружия». Возведенный на престол при поддержке России в1777 г., Шагин-Гирей пытался путем реформ добиться полной независимости Крыма. Но экономическая необеспеченность реформ, торопливость и нежелание считаться с традициями вызвали недовольство населения, подогретое происками Турции и жестокой борьбой за власть в правящей верхушке ханства. С 1778 по 1782 г. русские войска трижды восстанавливали Шагин-Гирея на престоле.
В марте 1783 г. братья хана, Батыр-Гирей и Арслан-Гирей, потребовали от него отмены реформ и допуска их к управлению ханством. Отказ Шагин-Гирея послужил сигналом к широкому выступлению против него на Кубани и в Крыму. Хан был вынужден бежать на русском судне в Керчь. На престол взошел Батыр-Гирей, который, впрочем продержался на нем совсем недолго. По этому поводу Григорий Потемкин писал императрице: «Крым положением своим разрывает наши границы. Тут ясно видно, для чего хан нынешний туркам неприятен: для того что он не допустит их чрез Крым входить к нам, так сказать, в сердце. Положите же теперь, что Крым наш и что нет уже сей бородавки на носу: вот вдруг положение границ прекрасное…» В феврале 1783 г. Шагин-Гирей объявил, что не желает быть повелителем .«такого неспокойного и коварного народа», и отрекся от ханской власти в пользу России. Императрица Екатерина II подписала 8 апреля 1783 г. манифест о присоединении Крымского ханства к России. Сам хан с 1784 г. жил со своим гаремом и свитой в Воронеже, затем в Калуге. По его просьбе был отпущен в Турцию и там в августе 1787 г. убит.